Imagej stack moving average

Estou planejando processar um grande número de imagens e gostaria de calcular a média a cada 5 imagens consecutivas. Minhas imagens são salvas como formato de arquivo. dm4. Essencialmente, quero produzir uma única saída de imagem média para cada 5 imagens que eu possa salvar. Então, por exemplo, se eu tivesse 400 imagens, gostaria de obter 80 imagens médias que representariam as 400 imagens. Estou ciente de que há o plugin Running Z Projector, mas ele faz uma média em execução e não me dá o número reduzido de imagens que estou procurando. Isso é algo que já foi feito antes Obrigado pela ajuda perguntou 06 de novembro 14 às 17: 03 Converte um Hypervolume de volta em uma pilha de fatias. Produz uma única imagem que contém as imagens de uma pilha exibida em um formato de grade. Isso pode ser útil para comparações visuais de uma série de imagens armazenadas em uma pilha. Uma caixa de diálogo permite especificar o nível de ampliação (Fator de escala) no qual as imagens são copiadas e selecionar o layout da grade resultante (Colunas, Linhas. Primeira fatia. Última fatia. Incremento). Com ImageJ 1.35m ou posterior, marque Usar cor de primeiro plano para desenhar bordas e rótulos na cor de primeiro plano e preencher áreas em branco com a cor de segundo plano. Use a macro da ferramenta Montage Shuffler para reorganizar as imagens na montagem. Reconstrói uma ou mais fatias ortogonais através do volume da imagem representada pela pilha atual. Antes de usar este comando, crie uma linha reta ou seleção retangular para especificar se as reconstruções serão feitas. Uma caixa de diálogo permite especificar o espaçamento Z (deslocamento entre fatias) do volume de origem. Várias fatias são reconstruídas e salvas como uma pilha se você criar uma seleção retangular ou definir Largura da fatia maior que um. As imagens são criadas por amostragem de cada fatia na pilha ao longo da linha. Assim, o primeiro pixel em cada linha da imagem de saída é tirado do início da linha e o último do final. No caso em que Slice Width é maior que um, uma pilha é criada deslocando a linha para baixo e para a esquerda para gerar fatias adicionais para a pilha de saída. Este plugin e o plugin ZProject. foram contribuídos por Patrick Kelly e Harvey Karten, da Universidade da Califórnia, em San Diego. Projeta uma pilha de imagens ao longo do eixo perpendicular ao plano da imagem (o chamado eixo z). Seis diferentes tipos de projeção são suportados. O comando ZProject cria nomes de imagens no formato XXXstack, em que XXX é AVG, MAX, MIN, SUM, STD e MED e stack é o nome da pilha. A projeção de Intensidade média gera uma imagem em que cada pixel armazena a intensidade média de todas as imagens na pilha na localização de pixels correspondentes. A projeção de intensidade máxima (máx.) Cria uma imagem de saída em que cada um dos pixels contém o valor máximo de todas as imagens na pilha no local específico do pixel. A projeção de Intensidade Mínima (Min) cria uma imagem de saída em que cada um dos pixels contém o valor mínimo de todas as imagens na pilha no local específico do pixel. Sum Slices cria uma imagem real que é a soma das fatias na pilha. O desvio padrão cria uma imagem real contendo o desvio padrão das fatias. A mediana cria uma imagem contendo o valor mediano das fatias. Gera uma seqüência de animação projetando através de um conjunto de dados 3D rotativo em um plano. Cada quadro na seqüência de animação é o resultado da projeção de um ângulo de visão diferente. Para visualizar isso, imagine um campo de raios paralelos passando através de um volume contendo um ou mais objetos sólidos e atingindo uma tela orientada normal às direções dos raios. Cada raio projeta um valor na tela, ou plano de projeção, com base nos valores dos pontos ao longo de seu caminho. Três métodos estão disponíveis para calcular as projeções neste plano: Ponto mais próximo, Ponto mais brilhante. e valor médio. A escolha do método de projeção e as configurações de vários parâmetros de visualização determinam como as estruturas de superfície e interior aparecerão. Essa rotina foi escrita por Michael Castle e Janice Keller, do Instituto de Pesquisa em Saúde Mental da Universidade do Michigan (MHRI). insert image Dialog Selecione Projeção de ponto mais próximo para produzir uma imagem das superfícies visíveis a partir do ângulo de visão atual. Em cada ponto do plano de projeção, um raio passa normal ao plano através do volume. O valor do ponto não transparente mais próximo que o raio encontra é armazenado na imagem de projeção. Projeção de ponto mais brilhante examina pontos ao longo dos raios, projetando o ponto mais brilhante encontrado ao longo de cada raio. Isso exibirá os objetos mais brilhantes, como ossos em um estudo de tomografia computadorizada (tomografia computadorizada). A projeção do valor médio, uma modificação da projeção de ponto mais brilhante, soma os valores de todos os pontos transparentes ao longo de cada raio e projeta seu valor médio. Ele produz imagens com bordas mais suaves e menor contraste, mas pode ser útil ao tentar visualizar objetos contidos em uma estrutura de maior brilho (por exemplo, uma caveira). Slice Spacing é o intervalo, em pixels, entre as fatias que compõem o volume. O ImageJ projeta o volume no plano de visualização em cada incremento de ângulo de rotação. começando com o volume girado pelo ângulo inicial e terminando assim que o volume tiver sido girado pela rotação total. Os parâmetros Limite inferior e superior da transparência determinam a transparência das estruturas no volume. Os cálculos de projeção desconsideram pontos com valores menores que o limite inferior ou maiores que o limite superior. A definição desses limites permite que os pontos de fundo (aqueles que não pertencem a qualquer estrutura) sejam invisíveis. Ao definir limites apropriados, você pode remover camadas com valores de intensidade razoavelmente uniformes e exclusivos e realçar (ou tornar invisíveis) estruturas internas. Observe que você também pode usar Image / Adjust / Thresold para definir os limites de transparência. Às vezes, a localização das estruturas em relação a outras estruturas em um volume não é clara. O parâmetro Opacity permite a exibição de combinações ponderadas de projeção de ponto mais próximo com qualquer um dos outros dois métodos, muitas vezes dando ao observador a capacidade de visualizar estruturas internas através de superfícies externas translúcidas. Para ativar esse recurso, defina a Opacidade para um valor maior que zero e selecione a projeção do valor médio ou do ponto mais brilhante. As dicas de profundidade podem contribuir para a qualidade tridimensional das imagens de projeção, dando perspectiva às estruturas projetadas. Os parâmetros de indicação de profundidade determinam se os pontos projetados originados perto do observador aparecem mais claros, enquanto os pontos mais distantes são escurecidos linearmente com a distância. O trade-off para este aumento do realismo é que os pontos de dados mostrados em uma imagem com profundidade não possuem mais valores densitométricos precisos. Dois tipos de sinalização de profundidade estão disponíveis: Superfície-Cueing e Interior-Cueing. A detecção de profundidade da superfície funciona apenas nas projeções de ponto mais próximo e no componente de ponto mais próximo de outras projeções com a opacidade ativada. A indicação de profundidade interior funciona apenas em projeções de pontos mais brilhantes. Para ambos os tipos, a indicação de profundidade é desativada quando definida como zero (ou seja, 100 de intensidade em volta de 100 de intensidade na frente) e fica acesa quando definida em 0ltn 100 (ou seja, (100-n) de intensidade em 100 intensidade) em frente). Ter uma indicação de profundidade independente para a superfície (ponto mais próximo) e interior (ponto mais claro) permite mais possibilidades de visualização. Marque Interpolate para gerar uma pilha temporária em z que é usada para gerar as projeções. O escalonamento Z elimina as lacunas vistas nas projeções de volumes com espaçamento de fatia maior que 1,0 pixels. Essa opção é equivalente a usar o plug-in de escala do pacote TransformJ para dimensionar a pilha na dimensão z pelo espaçamento da fatia (em pixels). Esta caixa de seleção será ignorada se o espaçamento da fatia for menor ou igual a 1.0 pixels. Plota a seleção de ROI entre o valor de cinza e o número de fatia. Requer uma seleção. Anima a pilha ativa exibindo repetidamente suas fatias (quadros) em seqüência. Use Parar Animação. ou clique com o mouse para parar. Abra a caixa de diálogo Opções de Animação para especificar a velocidade da animação. Mais de uma pilha pode ser animada por vez. Como um atalho, pressione a tecla de barra invertida () para iniciar ou interromper a animação. No ImageJ 1.38 e posterior, pressione alt e barra invertida para abrir a caixa de diálogo Opções de animação. Finaliza a animação da pilha ativa. Como um atalho, pressione a tecla de barra invertida. Use esta caixa de diálogo para definir a animação Velocidade em quadros por segundo, defina o Primeiro Quadro e o Último Quadro (1.38 ou posterior) ou para ativar a animação oscilante (Loop Back e Forth). No ImageJ 1.38 ou posterior, você pode pressionar alt e barra invertida (alt) para exibir este diálogo. gui / image / stacks. txt middot Última modificação: 2010/01/26 11:07 (edição externa) Grayscale Moving Average Em resposta a este post por Todd Johnson-4 Na descrição ele diz que quer passar de um círculo a um Tempo. O filtro de convolução no ImageJ moveria um pixel de cada vez, no caso de não funcionar, já que os únicos valores de pixel que se desejariam seriam aqueles em que o kernel realmente se alinharia com os círculos. Não tenho certeza de quais valores você está tentando obter. Você quer uma média para cada cotovelo horizontal, onde cada linha consiste de duas linhas de círculos Ou você quer um número para o primeiro grupo de círculos 2x2, outro número para o segundo, etc De qualquer maneira, eu acho que há um analisador de partículas que pode encontrar e medir o valor médio da escala de cinza de cada círculo e colocá-los nos resultados. Então seria simples colocá-lo em uma planilha e obter os números que você está procurando. Você também pode escrever uma função de convolução especial em que cada etapa tenha o tamanho da distância entre círculos, mas isso só funciona se você souber de antemão exatamente onde os círculos estão em cada imagem, e acho que o analisador de partículas seria mais fácil de qualquer maneira. Em 26/10/06, H. Gluender escreveu: gtI sou novo no ImageJ. Eu tenho uma imagem de numerosos círculos em tons de cinza fechar gt juntos em um fundo preto. Id gostaria de média da escala de cinza sobre gt gta 2x2 círculo matriz (área retangular mais fundo). Em seguida, desloque-se para o gt gtside e repita, obtendo uma média móvel dos valores médios da gtgrayscale ao longo do eixo horizontal. Em seguida, mova um círculo para baixo e obtenha outro conjunto de dados de eixo horizontal, etc. Por fim, gostaria de obter valores em escala de cinza ao longo do eixo vertical no mesmo método. gt gtQual é a maneira mais fácil gt gtthanks, Todd Johnson gt gt gt gt Prezado Todd Johnson, gt gt se eu entendi corretamente, você quer fazer o que é chamado de lowpass gt filtragem de uma imagem, convolvendo-o com o kernel descrito. gt gt Para fazer isso, basta definir o kernel em “Processos de Processos”. quot e clique em ok. A imagem resultante consiste então nas médias do gt que você está procurando. gt gt HTH gt - gt gt gt Herbie gt gt ------------------------ gt gt ltgluender. de gt gt